学生会是由新纪元学院全体在籍学生所组成的，或称为学生政府。它是以三权分立的形式存在，行政（行政机关）、学生议会（立法机构）、监察会（仲裁及财务监督机构）组成，并且互相制衡。最高决策权侧是由会员大会或会员公决产生。 学生会的首要责任就是“代表学生”，在“校园自主”、“学生自治”的原则下，学生会结合新纪元学院的办学宗旨，与学院行政人员、学术人员在平等的基础上共同发展校园。凡经本会注册的团员，都属学生社团。 第一届新纪元学院学生会在众人的期待下，于 1998 年 6 月 2 日正式成立。学生会参与了整个校园的运作，实习和贯彻“校园自主、学生自治”的理念。此外，学生会也曾经在校园内开辟了一个自由言论空间：“纸上海德公园”。为了让讯息得以传达给学生，学生会都会固定在每个月出版《新学报》把校园内的生活及社会动态报导出来，一提高学生对时事资讯的认识。 学生会也曾委派代表参与社区活动，如参与加影育华中学义卖的工作、参与雪华青主办的“吉隆坡义山考察”等。在种种行动及交流中，筹委们走出纯碎理论，开始接触实际情况，具体落实理想。